天正十五年(1587)に九州平定を果たした豊臣秀吉は、黒田孝高(如水)に仲津郡に与えたため、黒田氏が新たに中津城を築くことになる。黒田氏移封の後、豊前一国と豊後二郡を与えられた細川忠興は、一国一城令の例外を幕府から取り付け、大規模な改修を行った。